元朝时蒙古地区全部纳入中国版图。明朝始终无力收复蒙古地区。明朝时期在中国的蒙古人大多退回塞外，主要生活在这一地区，直至清朝覆灭。
明代，蒙古四分五裂，出现了也先这类英雄 至正二十八年(1368)，元朝灭亡，残余力量退居蒙古草原。蒙古分为东西两部：东部蒙古游牧于漠北和漠南，其首领为元室后裔，被视为蒙古的正统游牧于漠西的瓦剌部(即原斡亦喇部)被称为西蒙古，与东蒙古有姻亲关系。
15世纪，蒙古南北被达延汗重新统一，分东部蒙古为喀尔喀、兀良哈、鄂尔多斯、土默特、察哈尔、喀剌沁(永谢布)六部。明末清初。蒙古处于分裂割据状态，以大漠为界，分为漠南蒙古、漠北(喀尔喀)蒙古、漠西(厄鲁特)蒙古三部分。漠南蒙古西部的俺答汗注意与明朝修好，发展贸易关系。俺达汗驻地库库和屯(今呼和浩特)修建城郭，商旅幅凑，成为漠南蒙古地区政治、经济、文化中心。
清朝为了扫除后方的威胁，大举用兵，花了一个半世纪的时间统一了蒙古各部，实施盟旗制度。加强了对蒙古族的统治，保证了蒙古族地区的稳定与发展，但清朝在蒙古地区推广喇嘛教，实行“蒙禁”，导致蒙古族人口减少、人口素质下降。
