16世纪初，葡萄牙人抵达印度尼西亚。当时欧洲对肉豆蔻，姜，肉桂，丁香和梅斯等香料都有很大的需求。可以通过运输到欧洲来销售从而获得巨大的利润。因此，葡萄牙人决定抓住香料的主要来源Moluccas。在1511年，他们夺取了重要港口的马六甲。
然而，在17世纪初，葡萄牙人失去了对印尼的统治地位，逐渐被荷兰人取代。第一批荷兰舰队于1595年从荷兰出发。在1602年，荷兰东印度公司成立，控制了印度尼西亚的贸易。在1641年，他们占据了马六甲。在17世纪，荷兰人逐渐扩大了他们的爪哇和莫鲁卡的力量。然而，他们对印度尼西亚的其他地区影响不大。此外，在18世纪，荷兰东印度公司陷入债务。最后在1799年，荷兰政府接管了领土。
在1806年英国和荷兰人去战争。 1811年，闵托阁下的英国人航行到巴达维亚。英国人很快就抓住了印度尼西亚的所有荷兰财产。英国废除了奴隶制，他们也把这个国家划分为被称为行政管理的地区。然而，在1816年，英国人把印度尼西亚交给了荷兰人。许多印度尼西亚人抵制荷兰人的回归。然而，荷兰人最终击败了他们并重获控制权。
然而，在1825年，爪哇战争开始了。由戈罗王子领导。
此外，在19世纪，荷兰人扩大了对印度尼西亚其他地区的控制权。 1825年，他们在阿姆斯特拉派驻了Pelambang。他们还在1848年，1849年，1858年和1868年与巴厘岛战争。然而，巴厘岛直到1906年才终于被征服。
1873年，荷兰人与亚齐战争。战争直到1908年。同时在1894年，荷兰人抓获龙目岛，在1905年，他们夺取了整个苏拉威西。
同时，荷兰人无耻地剥削了印度尼西亚人。 1830年，荷兰人推出了Kultuurstelsel（文化体系）。印度尼西亚农民被迫把20％的土地作为出口作物种植。印度尼西亚人被迫种植咖啡，靛蓝，茶叶，胡椒粉，肉桂和糖。由于这一措施，稻米产量下降。
在1870年，荷兰人转向自由市场体系。荷兰政府对糖和其他商品的垄断已经结束。创建了私人种植园。20世纪初，荷兰人决定更加公正地对待印度尼西亚人。他们介绍了他们所说的道德政策。这意味着建立学校，并花费在保健，卫生和灌溉方面有更多的投入。然而，新政策对大多数印度尼西亚人的生活几乎没有影响。
不过，这意味着至少有一些印度尼西亚人受过高等教育，熟悉西方思想，如自由主义和社会主义。结果在20世纪初，印度尼西亚组建了民族主义运动。他们开始追求独立。
在1940年，德国人占领了荷兰。 1942年日本入侵印度尼西亚。最后一名荷兰军队于1942年3月8日投降。起初印度尼西亚人欢迎日本人解放。不过，他们很快就变得幻灭了。日本人是残酷的，他们无情地剥削了印度尼西亚的资源。
然而，当日本人失去战争时，他们开始支持印度尼西亚独立，希望让印度尼西亚人成为盟友。
日本于1945年8月15日投降。年轻的印度尼西亚民族主义者决心在荷兰人返回之前主张独立国家。苏卡诺8日17日宣布印度尼西亚独立。他成为第一任总统，哈达成为副总统。
不过荷兰人不愿意让印度尼西亚这么容易。起初英国军队降落在印度尼西亚。他们试图保持中立，尽管英国和印度尼西亚人在地方发生武装冲突。
然而到1946年11月，英国人已经走了，荷兰人在印度尼西亚登陆了很多男人。 11月份，印度尼西亚和荷兰签署了Linggajati协议。荷兰人承认一部分印尼的领土，但还有一些领土是荷兰人不承认的。印尼随后开始了漫长的独立运动。
