二者的主要区别有以下分为两点：

第一，经营模式不同。京东自营是京东公司自己经营的店面。从品牌厂家进货到京东仓库，然后在京东平台销售给消费者。

第二，京东官方旗舰店是各大品牌商家借助京东平台销售自家产品，犹如商场里的小店面。