战争前期，当得知自治同盟2800艘的舰队要穿过虫洞赶过来支援时，联邦将领显然以此视为足以灭亡星联的威胁。如果联邦真有数万艘船，2800艘的舰队能造成这样大的威胁（S06E06）

2，夺回DS9，出动600艘星舰。而仅仅出动600艘星舰就对联邦的整个防御部署造成很大影响，甚至造成防守地球的防线空虚。（S06E05，一位Starfleet上将的说法）。如果联邦真的有数万艘星舰，不可能说出动600艘船就造成这样大的影响。

3，DS9中有提到几支联邦舰队的位置。如第二舰队进攻DS9，第三舰队防守地球，第五舰队原本驻扎瓦肯，第九舰队原本也要参与进攻DS9，第七舰队在泰拉，第十舰队在贝塔索，基本上能想到的要防守的地方都提到了。可见星联估计只有十只舰队或者十余只。夺回DS9出动两只舰队600艘船，一只舰队有300艘左右星舰。这样算下来，也是数千艘比较合理。

4，战争后期，当联邦和罗木兰的船对布林人的武器束手无策的时候，martok提到克林贡动员了1500艘船，而和自治同盟仍处于“1比20的劣势”，可见自治同盟在阿尔法象限有30000艘左右的船。即使考虑到联邦实力比克林贡稍强，也绝不可能克林贡只有一两千艘船而联邦有一两万艘船。所以联邦的星舰数量应该就是比克林贡稍多，几千艘这样子（S07E21）

自治同盟战争事关联邦生死存亡，且耗时数年之久，所以不可能出现所谓只有一部分舰队参与战争而很大一部分还在其他地方优哉游哉探险的情况（除了部分可能在防御博格的舰队外）。因此，在DS9中估算出的联邦星舰数量，应该就是当时联邦能够作战的星舰的总数量——即数千艘。