两次雅克萨之战后的一年，中俄签订了一个边界条约《尼布楚条约》。以外兴安岭（即今斯塔诺夫山脉）至海、格尔必齐河和额尔古纳河为界，凡岭南一带土地和流入黑龙江的河川，全属中国。

《尼布楚条约》，俄方称“涅尔琴斯克条约”，是中国清朝和沙皇俄国之间签订的第一份边界条约，也是中国与西方国家缔结的第一份国际条约。

雅克萨之战后，中俄就东段边界等问题进行交涉。1689年9月7日（康熙二十八年七月二十四，俄历7197年8月28日），中方代表索额图、佟国纲等与俄方代表戈洛文等在尼布楚（今俄罗斯涅尔琴斯克）签订中俄《尼布楚条约》。