到了西元十一、十二世纪，西藏佛教各派已在不丹十分活跃，尤以竹巴噶举派最为兴盛。十六世纪中叶以后，开始有寺院建筑及大藏经目录的开雕，可惜在十八世纪的一场内乱中被烧毁了。

十六世纪中叶，曾有一位竹巴噶举派的喇嘛教主入境，宣称是不丹的领导者，这就是不丹称教主为法王的由来。

这位法王组织中央政府，任命地方官，采取政教合一政策，行政由在家居士统筹，法王以转世方式来统治不丹。因此，竹巴噶举派成为不丹的国教，一直持续到二十世纪初。