1、学校英文名称缩写不同：国立清华大学英文名称缩写为NTHU，而清华大学英文名称缩写为THU。

2、学校位置不同：国立清华大学位于中国台湾省新竹市，清华大学位于中国北京市。

3、主管部门不同：国立清华大学主管部门为中国台湾地区教育主管部门，清华大学主管部门为教育部。

4、学院设置不同：国立清华大学设有理学院、工学院、生命科学院、电机资讯学院、人文社会学院等清华大学设有建筑学院、环境学院、人文学院、美术学院、药学院等。