从北京到南京出发时不需要查验核酸检测报告。依据近期国内疫情防控形势需要，北京市政府、卫健委、疾控中心等部门发布了严格的疫情防控要求，要求来返京人员必须按规定出示核酸检测阴性证明。出发前最好查询一下南京对核酸检测报告有无要求。