iPhone SE出厂采用的是iOS 9.3（最新版为iOS 14.6）操作系统，iOS 9.3系统主要带来了全新的Night Shift功能以及备忘录加密功能等。

Night Shift模式是iOS 9.3的一个重点功能，能够根据实际环境光线来调整屏幕背光。当环境光很黑暗时，Night Shift模式会让屏幕背光降到一个合适的亮度，更重要的是滤蓝光，更好地保护眼睛。