地下水的过量开采和水资源被污染等人为因素，是造成可利用水资源相对短缺的重要原因。

墨西哥气候相对干燥，超过50%的国土常年处于不同程度的干旱状态，年平均降雨量远低于世界平均水平。分析认为，农业灌溉设施落后也是墨西哥经常出现干旱的重要原因之一。

墨西哥农业灌溉用水占国家整体用水比例约为76%，很多地区还在用井水对农田进行灌溉。农业用水效率低下导致墨西哥超过40%的水资源被浪费。

与此同时，气候变化导致降水进一步减少，植被破坏使土壤蓄水能力减弱，城市化进程加快导致用水量猛增等因素，也都加剧了墨西哥的水危机。