哈军工地处东北，靠近苏联。中苏交恶，哈军工首当其冲，所以前往内地。

1969年，经国防科委和各总部、军兵种协商后决定：

学院主体（院直领导机关、4个系及基层单位）内迁到长沙；

航空工程系迁西安，并入西北工业大学；

原子工程系迁往四川省重庆市北碚，组建重庆工业大学；

舰船工程系留哈尔滨，改名哈尔滨船舶工程学院；风洞实验室，改名风洞研究所。