iPhone 6s plus内置的是A9处理器，苹果公司（Apple）介绍这枚第三代64位芯片比苹果A8性能提升70％，GPU提升90％，达到桌面级别，“能胜任游戏主机级的图形处理任务，令游戏和其他app的画面更丰富”，此前有跑分数据显示A9的单核性能已超过了高通骁龙820。嵌入式动作协处理器同步升级到M9，以低功耗应对手机中各种传感器的持续工作并可快速激活。支持“Hey Siri”语音唤醒Siri功能。