请确认下你这个朋友目前是HOLD中国护照吧

如果持有中国护照，至于回国的问题（如果没有犯罪记录的话，）可以直接购买机票，经由日本海关回国。（需要在小黑屋登记，并留下相关记录，可能对将来的再次入境带来很大的困扰。）

但为了记录良好，还是要由他学校出具在读证明，并阐述签证过期的正当理由。如果想继续留学，就继续申请签证，把这段“滞留”日期覆盖并衔接上。这样就可以回国了。