1、iQOONeo6的处理器是目前最新的骁龙8G1，有着更强的AI算了和ISP，因此在影像方面优势更大，同时性能也更强。iQOONeo6SE则采用去年备受好评的骁龙870，功耗控制更出色。

2、iQOONeo6拥有独立显示芯片，能够帮助处理器分担GPU渲染压力，还能实现游戏插帧功能，而iQOONeo6SE则没有配备独立显示芯片

3、iQOONeo6和SE均采用E4材质直屏设计，不同的是iQOOneo6支持屏下压感，对游戏党更加友好

4、拍照方面iQOOneo6更胜一筹，虽然主摄规格一样，都是GW1P传感器，但iQOONeo6的广角镜头更好，而且处理器算力更强，不过二者均支持OIS防抖。iQOONeo6SE在2000价位的拍照能力还是非常出众的。

5、震感方面iQOONeo6采用了双路线性马达设计，而SE则只有单X轴线性马达，前者的游戏震感表现会更强

6、iQOONeo6后盖有玻璃和素皮材质，用料方面更讲究，而iQOONeo6SE则采用了塑料后盖，质感一般，不过也因此，SE版本的整机更加轻薄，重量控制更好。