北京大学前身京师大学堂，创办于1898年，孙家鼐（1898.07-1900.00）是第一任校长。
清华大学的前身清华学堂，始建于1911年，周自齐（1911.2 - 1912.4）是第一人校长。
一、北京大学，简称北大，创建于1898年，初名京师大学堂，成立之初为中国最高学府，同时也是国家最高教育行政机关，行使教育部职能，统管全国教育。中华民国建立后，校名改为北京大学校，后又改名为国立北京大学。
1916年至1927年，蔡元培任北京大学校长时期，“循思想自由原则、取兼容并包之义”，推行改革，把北大办成以文、理两科为重点的综合性大学，使北京大学成为新文化运动的中心、五四运动的策源地。1937年抗日战争爆发后，北大与清华、南开合并组建国立西南联合大学。
日本战败后，北京大学回到北平复校。1952年院系调整后，北京大学聚集了原北大、清华、燕大三校的自然科学、人文学者，奠定了北大文理学科在中国高校中长期领先的地位。2000年，北京医科大学回归北京大学，成为北京大学医学部。
二、清华大学，简称清华，旧称清华学堂、清华学校、国立清华大学，是一所位于中华人民共和国北京市海淀区清华园的公立大学。始建于1911年，因北京西北郊清华园而得名。初为清政府利用美国退还的部分庚子赔款所建留美预备学校“游美学务处”及附设“肄业馆”，于1925年始设大学部。
抗日战争爆发后，清华与北大、南开南迁长沙，组建国立长沙临时大学。1938年再迁昆明，易名国立西南联合大学。1946年迁回清华园复校，拥有文、法、理、工、农等5个学院。1949年中华人民共和国成立后，国立清华大学归属中央人民政府教育部，更名“清华大学”。
1952年，中国高校进行院系调整，清华大学文、法、理、农、航天等院系外迁，吸纳外校工科，转为多科性工业大学，在土木、水利、计算机、核能等领域贡献卓越，被誉为“工程师的摇篮”。1978年后，逐步恢复理科、人文社科、经济管理类学科。
1999年，原中央工艺美术学院并入，成立美术学院。2006年，与北京协和医学院合作办学，培养临床医学专业学生。2012年，原中国人民银行研究生部并入，成立五道口金融学院。
