星汉灿烂中的程家被灭门的原因是：他们被陷害通敌叛国，这在那个时代是最大的罪名，所以在文帝受到了这个信息后，就让人立马查抄了程家，把他们一家人秘密关押起来，进行调查，可以说程家是走到了灭门的边缘，还好最终调查清楚这是诬告，程家人捡回了一条命。