月升沧海中的阿起后面不见了的原因是：阿起被凌不疑留在了京城中保护自己的未婚妻程少商，这也是阿起在凌不疑身边消失的主要原因，这也让文帝知道了虽然凌不疑嘴上说放弃了程少商，但还是把程少商当做自己的妻子对待，让自己的最得力属下阿起留在了京城保护程少商。