神探狄仁杰第三部由由《黑衣社》和《漕渠魅影》两个部分组成！
黑衣社案，凉州刺史曾泰是狄公的门生，他接到了朝廷急报，说是西北马上要发生大地震，曾泰立即组织防灾抗震事宜，及时疏散了城中的百姓。
但当地震来临之时，仍然是房倒屋塌，损失惨重。想到大漠之中押运饷银的三千铁甲军，曾泰忧心如焚。等到曾泰赶到，大军押送的饷银被劫。因此引出了一个神秘组织黑衣社！
漕渠魅影扬州案
雷鸣电闪，大雨如注。大运河长江通往淮水的邗沟水面波涛汹涌，白浪浊天。狂风暴雨之中，江淮盐铁转运使的运盐官船在邗沟覆没。
一年之内，这已是第十五次了，数百运卒丧生，数百万石食盐没于水中。而朝廷派去查察此事的官员均是无功而返，更有甚者，出漕调查的水部郎中李翰竟然在任上自缢身死。
由于盐运受阻，扬州西北各地都已经发生了盐荒。武则天急召狄仁杰进宫，任他为江南道黜置大使，兼江淮都转运使，察查邗沟覆船大案。狄公带领李元芳、曾泰赶赴扬州调查！
