柯南寻找玛利亚篇之所以是主线是因为结尾工藤优作从国外回来，并且向柯南告知黑衣组织的BOSS是乌丸莲耶。

寻找玛利亚事件发生在修学旅行篇之后，此时工藤新一出现的消息上了热搜并且被黑衣组织发现。此时柯南焦头烂额，灰原带着其他少年侦探团来解决玛利亚失踪的事件。事件末尾，工藤优作化解了工藤新一的传闻，同时也告知柯南面对的是乌丸莲耶。