魂殿大天尊之所以不杀死萧炎是因为魂殿想要从萧炎手中获得陀舍古玉，这是因为魂殿成立的原因就是为了给魂族的族长魂天帝寻找陀舍古玉，所以在萧炎成为了萧族族长，继承了他们家族的陀舍古帝玉，这就让魂殿很是忌惮他，最终选择了不杀死萧炎。