月生沧海的程少商和凌子晟分开五年的原因是：凌子晟私自调兵杀死了凌益满门，虽然他是替父报仇，没有被杀死，但是私自调兵也是重罪，最终被文帝下令流放边疆五年，于是凌子晟远走边疆，程少商为了照顾自请废后的宣皇后进入了冷宫成为了宫令，这才让他们无奈的分开了五年之久。