架构主要分为IT系统、第三方物流、骨干物流节点、菜鸟驿站、阿里资源配合这五大部分。其主要特点就是完全的轻资产模式、掌握信息和大数据的巨头公司运作、半商业半公益。

目前菜鸟物流已在上海、广州、武汉、重庆、成都、郑州等中国主流城市纷纷建成了智能骨干物流中心。第三方物流在入驻菜鸟物流中心后，可以依托菜鸟物流先进的信息系统(很多系统也不是阿里自建，而是整合的第三方系统)和仓储中心，轻松的完成大批量产品的整个分拨、仓储等工作，进而提高配送效率。