入国管理局作为行政机构划分为从属于法务省的八个地方入国管理局和六个设在各地的事务所，六十二个临时管辖地以及三处入国管理中心。入国管理局分为札幌入国管理局，仙台入国管理局，东京入国管理局，名古屋入国管理局，大阪入国管理局，广岛入国管理局，高松入国管理局，福冈入国管理局。其中东京入国管理局包括成田空港分局和横滨分局；名古屋入国管理局包括中部空港分局；大阪入国管理局包括关西空港分局和神户分局；福冈入国管理局包括那霸分局。其中札幌入国管理局主要管辖北海道地区，仙台入国管理局管辖青森岩手宫城秋田山形福岛东京入国管理局主要管辖茨城枥木群马崎玉千叶县东京都神奈川县新泻县山梨县长野县；横滨分部主要管辖神奈川县东京都町田市多摩市稻城市；名古屋入国管理局主要管辖富山石川福井岐阜静冈爱知三重县等地；广岛入国管理局主要管辖鸟取鸟根冈山广岛山口县；大阪入国管理局主要管辖滋贺县京都府大阪府兵库县奈良县和歌山县；高松如果管理局主要管辖德岛县香川县爱知县高知县等；福冈入国管理局主要管辖福冈县佐贺县长崎县熊本县大分县宫崎县鹿儿岛县冲绳县；那霸分部主要管辖冲绳县地区。