口袋妖怪AR搜索器的舞台是一个名为“梦的狭缝”的空间，玩家受到地榆博士的请求。作为研究所的一员去寻找精灵。 口袋妖怪AR搜索器使用3DS的AR机能，将摄像头拍摄的现实世界作为背景画面。 通过移动3DS本体来瞄准目标，并发射光线捕捉精灵。