南京南站共有15个站台，1至5号站台供京沪线（上海至南京至北京）列车停靠，6至11号站台供沪汉蓉线（上海至南京至武汉至成都）和宁杭线（南京至杭州）列车停靠，12至15号站台供宁安线（南京至安庆）列车停靠。

南京南站地面层为换乘广场。广场中心区域有地铁1号线、3号线和6号线的进出站口；南北两侧为公交车上客区，东西两侧各设出租车、社会车的上客区；广场南侧还有1个机场快客停靠带，可直接去禄口机场。斟酌到南北广场客流量的散布情况，公路客运南站设在南广场，占地5万平方米，市民在这里可实现铁路、公交、地铁、长途客车和机场大巴的“零距离”换乘。南京南站地下负2层，共将联结地铁1号线的南延线和3号线、6号线，与现在的南京站1样，上下出口直接换乘。南京南站地面1层为换乘广场，广场中心区域就是地铁的进出站口；南北两侧为公交车上客区，东西两侧各设出租车、社会车辆的上客区；广场南侧还有1个机场快客停靠带，可直接去禄口机场；公路客运南站设在铁路南京南站的南广场。