系统U盘即PE盘从物理结构上和普通U盘并无区别，但是一般会有两个分区，一个是存文件的，另外一个是启动分区。
首先要了解什么是分区表。从最常见的MBR讲，磁盘的第一个扇区即前512字节就是MBR，在这前边的128字节就是分区表。MBR分区表最多可以容纳4个分区，由于操作系统限制，这4个分区里最多只能有一个逻辑分区，其它均为主分区。
在分区表后第一个扇区的剩余空间里就是一个引导(也叫MBR)，可以看成一个小程序用来引导后方已经激活的扇区。
主分区不可再分，一般用于系统盘。逻辑分区一般用于存数据。当然，逻辑分区也必须分割后格式化才可使用。
对于一般的U盘，分区表只会告诉系统：我只有一个主分区(或逻辑分区)，然后操作系统就把它里边的文件系统挂载起来。
但是PE盘就不太一样了，它是在系统以外启动的，但是又要同于正常U盘使用。当BIOS试图从该U盘引导启动时，就会读取MBR后转交CPU控制权，从而再由该程序引导激活分区的PBR后启动pe系统(仅限于legacy启动方式，uefi不同)。
所以pe盘的分区表里会记录两个分区，一个是活动的隐藏分区，用来储存pe系统的文件，另一个是正常分区，用于日常使用。一般情况下操作系统只会读正常分区，但win10会把隐藏的系统分区也显示出来。
所以对于小白来说，那个pe系统的分区不要去乱碰或者去格式化，否则你的PE就没法用了。
那个正常分区可以考虑格式化为以下文件系统：
fat32(兼容性高，但不支持4G以上文件)
NTFS(兼容性还行，文件大小没问题，但是效率较exfat低)
exfat(兼容性低，无文件大小问题，超级好用，未来的主流)
系统盘建议格式化为NTFS，既考虑到XP下的兼容性，又没有镜像文件大小的问题。
然后PE盘最好不要是GPT分区方案的(老电脑的兼容性问题)
还有，如果那个系统分区看了碍眼的话可以用bootice改为u+v2里的深度隐藏模式，可以彻底隐藏但是以后改起来会很麻烦。
分区软件可以考虑傲梅或是diskgenius，分区引导软件一般使用bootice，最好给pe加上legacy&；uefi双启动(新旧电脑兼容性和速度分辨率等问题)。
以上，希望可以帮到你，谢谢。
