生产旗舰所需的原材料为军团矿物，军团矿是只有军团才能获得的一批道具。

生产旗舰舰船的过程需要蓝图，但生产不会消耗蓝图，军团生产所需的蓝图来源于军团蓝图集册，其中的蓝图会随着军团逐步占据更多主权而依次解锁。另外，旗舰生产不会受到个人生产技能加成。

每个军团的旗舰需要部署才可操作，部署旗舰需要玩家军团占据主权星系并在星系内建设旗舰船坞才可进行，旗舰船坞是一种拥有旗舰停机坪的星系设施，升级旗舰船坞可以增加旗舰停机坪的数量。

舰需要经过一段部署时间才可真正投入使用，当部署完成后旗舰管理员可以修改旗舰的装配。但和普通舰船不同的是：旗舰的武器和装置是固定的，所以管理员真正能够改装的是旗舰的组件，在游戏中提供了数十种功能不同的旗舰组件供玩家选择，玩家可以通过军团生产来获得这些组件。

旗舰与普通舰船不同的是，旗舰无需担心电量、弹药，但旗舰的续航会受到旗舰能量块的限制，能量块是一种军团道具，由军团生产线使用军团矿进行生产旗舰上装有特殊的燃料仓用于存放能量块，燃料仓的大小由舰型决定旗舰仅能在旗舰船坞中由旗舰管理员人工添加能量块，添加方式与常规舰船补充弹药相同。