专项资金和财政资金的区别在于指定的用途不一样,专项资金是指上级人民政府拨付本行政区域和本级人民政府安排的用于社会管理、公共事业发展、社会保障、经济建设以及政策补贴等方面具有指定用途的资金。

这种资金都会要求进行单独核算,专款专用,不能挪作他用。而财政资金是指国家运用价值形式参与社会产品分配,形成归国家集中或非集中支配,并用于指定用途的资金。

它由国家预算资金和国家预算外资金所组成