1873年7月，森有礼在美任职期满回国担任外务大丞，但却在思想启蒙运动上投入相当大的精力。
他以自己在美国的经历劝说一些思想、立场相同的著名学者、知识分子和官员组成启蒙社团：美国的学者们组织很多学术团体互相切磋学问，并举办公开演讲，以益公众。
而日本的学者却互不往来，对社会贡献很少。
现在日本学者也应像美国学者一样结成社团，共同探讨学问，有益世道人心。
经过一番联络，他发起成立了日本历史上第一个合法的研究传播西方民主思想的学术团体“明六社”，因明治六年成立而定此名，同时创办发行《明六杂志》，并定期集会，公开演讲。
明六社成员皆为一时之选，如西周、福泽谕吉、加藤弘之、中村敬宇、西村茂树等，都是其核心人物，首任社长则由森有礼本人担任。
明六社以引进西方的哲学、政治、法律、历史、教育等思想启蒙，即“开启民智”、“文明开化”为己任。
他们通过其机关刊物《明六杂志》传播西方先进思想，发表了大量影响巨大的有关论文他们还翻译出版了20多部介绍民主、共和、自由、平等、法思想的西方书籍。
他们的努力，启笛了一代人心，在日本新思想的传播上，他们的“首功”确实功不可没。
虽然后来“明六社”及《明六杂志》被日本政府查封、许多成员的思想后来发生重要变化，但他们毕竟在日本播下了自由、平等、法治的种子。
当然，在启蒙的同时，他们还将摆脱面临沦为欧美列强的殖民地的危机视为自己的使命。
