中央制度
库里台大会
元世祖建立元朝后，有意立真金为太子，定传子之局，可惜真金早死而使继承问题又浮现。元朝而后常因皇太子早死或兄弟争位而动荡不安，中期又有武仁之约的协定，武宗系与仁宗系交替继承皇位，然而又因元仁宗废除协定而再度混乱。元朝的继承问题直到元惠宗方稳定，但也进入元朝末期。
一省两院
元朝政治制度与金朝一样承袭宋朝制度，采取文武分权的制度，以中书省总理政务，枢密院掌管兵权。然而元朝的中书省已成为中央最高行政机关，元朝不设置门下省，尚书省时设时不设，仅元世祖时期与元武宗时期有设置，所以门下省与尚书省的权力皆交给中书省。
中书省统领六部，主持全国政务，形成明清内阁制的先驱。其组织架构继承南宋体制，宰相的称呼共有中书令、司统率百官与总理政务等，常以皇太子兼任。下分左右丞相，中书令缺则总领中书事务。平章政事又居次，凡军国重事，无不参决。副相方面有左右丞、参政等。六部共有吏部、户部、礼部、兵部、刑部与工部，内有尚书、侍郎。尚书省主要负责财政事务，不过时置时废。
枢密院执掌军事，御史台负责督察，与宋朝制度大致相同，然而在地方设有行中书省、行枢密院与行御史台。此外又有掌管学校的集贤院、掌管御膳的宣徽院、掌管驿传的通政院，其他还有太常礼仪院、太史院、太医院与将作院，略前代的九寺诸监。最后新成立的是宣政院（初名总制院），负责佛教及吐蕃（今西藏）地区军政事务，这是前代所没有的。
