降水西北-东南差异大的原因是：日本的季风性气候具有海洋性。日本地形复杂，以丘陵山地为主，山脉走向与列岛排列方向一致，均为南北延伸。

夏季时，东南部位于东南季风的迎风坡位置，降水较多，西北部位于背风一侧，降水较少冬季时，西北部位于冬季西北季风的迎风坡，西北季风经过日本海后，水汽含量增大，使西北地区冬季的降雪较多，而东南部处于背风一侧，降水少。但总的来说，日本降水西北较东南少。