首先排在第一位的是锦衣卫，洪武十五年，朱元璋设置锦衣卫。这是个明朝的间谍组织，类似于当代的克格勃、中情局一类的机构，其服务对象是皇帝，其主要职责有两块一是宫廷禁卫、大朝仪仗等。二是负责监视大臣缉捕廷杖犯罪臣工，因此它设立了一座大狱即镇抚司狱，这个镇抚司狱也称诏狱，在用刑方面这个镇抚司狱甚是残酷。

第二位的就是东厂了，东厂是由燕王朱棣建立。最开始的时候，东厂和锦衣卫有着明确的分区，东区负责侦缉、抓人，而锦衣卫负责审讯犯人，两个机构分工明确，井水不犯河水。然而，随着时间的推移，到了后来东厂便拥有了自己的监狱，并拥有了听审权。

排在第三位的就是刑部大牢了，孙承泽上述两书记载，“刑部在皇城之西，与都察院、大理寺并列而为三法司。”这一描述仍不够具体，上文记五军都督府也是在“皇城之西”。但两者“皇城之西”实际上有所不同，五军都督府的“皇城之西”是指皇城南侧偏西，而三法司的“皇城之西”是指皇城西侧。刑部这个机构主要是对一些普通老百姓来的，在京城里盗匪奸杀案则由刑部负责，不过刑部大牢也是不好过的，惩罚罪犯的手段也是及其的残忍与冷酷。