有些大学采取5年一贯制的博士课程。本科毕业生即有资格申请此类课程。

此类博士课程分为博士前期及博士后期两部分，前期学制为2年，后期为3年，实际上，博士前期就是硕士阶段，毕业后发硕士学位博士后期即为即为博士阶段，毕业后可被大学院授予博士学位。

本科课程第一学年平均缴费在80万日元到200万日元不等（医学系和齿学系较贵，在500万日元左右），硕士和博士课程第一学年平均缴费在80万日元到150万日元不等。

从第二年度开始，由于不必缴付入学费，所以缴费大约可减少30%。日语教育机构一年收费在40万到100万日元之间，短期大学学费在55万到137万日元之间。根据日本国际教育协会的统计，外国留学生在日本每个月的平均学习研究费为5.7万日元、交通费0.8万日元、膳食费2.4万日元、房租3万日元、水电煤气费0.7万日元、保险医疗费0.3万日元、课余爱好娱乐费0.7万日元、杂费1.1万日元等。

因此，外国留学生在日本每个月的平均学费与生活费为12.8万日元，其中东京费用最高，每月接近15万日元。

这样算来，外国留学生在日本一年的学费与生活费大约在150万日元左右。