1、 职能不同：CIA是美国政府的情报、间谍和反间谍机构，主要职责是收集和分析全球政治、经济、文化、军事、科技等方面的情报，协调美国国内情报机构的活动，并把情报上报美国政府各部门。FBI联邦警察，FBI的任务是调查反联邦法罪犯，支持法律，保护美国，调查来自于外国的情报和恐怖活动，在领导阶层和法律方面执行。
2、领导机构不同：中情局（CIA）隶属于国家安全委员会，直接听命于总统，也就是说属于政府，除了协调全美情报机构的工作外，还负责执行一些秘密行动。联邦调查局（FBI），隶属于司法部，虽然也属于政府部门，不过级别就比CIA低了半级，主要是针对国内进行执法调查的，尤其是对一些重案和需要跨州协调的联邦案件开展调查。
3、针对对象不同：联邦调查局主要负责国内重大案件的侦破以及情报收集，抓捕恐怖分子。中情局主要负责收集美国以外的对美国政府构成威胁的情报，在海外开展特别行动。
