国企部门被合并，负责人的安排也是一件需要稳妥办理的事。一般情况下，有如下几种安排办法：

一是按照原来的管理权限负责安排，或者说原来谁任命的由谁安排。

二是在充分征求本人意见的基础上，按照来去自由的原则，或者由原上级部门安排，或者由合并后的新单位负责安排，或者自主择业。